Michael urodził się 2 kwietnia 1977 roku w Heidelbergu, w południowo-zachodnich Niemczech. W wieku dwóch lat przeprowadził się wraz z rodzicami do Killarney w Irlandii skąd pochodziła jego matka. Tam uczęszczał do Kolegium św. Brendana, a potem do Drama Centre w Londynie.Zadebiutował w wielokrotnie nagradzanym mini serialu telewizyjnym „Kompania braci” z 2001 roku, gdzie zagrał sierżanta Burtona „Pata” Christensona. Potem pojawił się kilku produkcjach telewizyjnych. Pierwszym filmem kinowym był „Angel” (2007) w reżyserii Francisa Ozona oraz hollywoodzka superprodukcja „300”. Przełom nastąpił wraz z filmem „Głód” Steve McQueen’a, gdzie Fassbender zagrał więźnia, członka IRA próbującego polepszyć status więźniów politycznych poprzez strajk…