Żółwie Ninja chcą dowiedzieć się skąd pochodzi tajemnicza substancja zwana Ooze, przez którą zostały zmutowane. Niestety ich wróg - Shredder - odnajduje ją jako pierwszy i chce ją wykoszystać do swoich własnych celów. W tej sytuacji Żółwie ponownie muszą udowodnić, kto jest lepszym wojownikiem.
