Kiedy był nastolatkiem dużo malował. Marzył o karierze artysty malarza. Danny Huston pochodzi ze słynnej rodziny Hustonów. Jest nieślubnym synem reżysera, laureata Oscara za „Skarb Sierra Madre”, Johna Hustona i aktorki Zoe Sallis. Jego dziadkiem był znany hollywoodzki aktor Walter Huston (Oskar za rolę drugoplanową w „Skarbie Sierra Madre”). Aktorka Anjelica Huston (Oskar za rolę drugoplanową w „Honorze Prizzich”) to przyrodnia siostra Danny’ego, a scenarzysta Tony Hudson (nominacja do Oscara za scenariusz „Zmarłych”) jest jego przyrodnim bratem.

Debiutem reżyserskim Danny’ego jest nakręcony w 1985 roku film dokumentalny pt. „>>Santa Claus<< The Making of the Movie”. Wcześniej współpracował z ojcem przy dramacie „Pod wulkanem” (1984). W 1987 roku Danny zrealizował telewizyjny film familijny „Wielka Stopa”. John Huston wystąpił w filmie fantasy „Mister Corbett’s Ghost” (1987) wyreżyserowanym przez Danny’ego. Tytułowy bohater komedii z 1988 roku pt. „Mr. North”, posiada, według mieszkańców Newport w stanie Rhode Island, dar uzdrawiania. „Colette” (1991) to filmowa biografia francuskiej pisarki Sidonie Gabrielle Colette. W 1995 roku Hudson zrealizował thriller „Obłąkani” z Burtem Raynoldsem w roli głównej oraz odtańczoną na lodowisku przez Katarinę Witt i Christophera Bakera wariację na temat Kopciuszka pt. „Die Eisprinzessin”.

W połowie lat 90. Danny zdecydował, iż bardziej odpowiada mu praca przed kamerą. W 1995 roku debiutował w roli barmana w dramacie „Zostawić Las Vegas” Mike Figgisa. Po raz kolejny spotkał się z reżyserem podczas realizacji „Timecode” (2000). Huston zagrał także menedżera tytułowego przedsiębiorstwa w „Hotelu” (2001) Figgisa.

Był jednym z bohaterów ekranizacji powieści Lwa Tołstoja „Anna Karenina” zrealizowanej w 1997 roku przez Bernarda Rose, z Sophie Marceau w tytułowej roli. „Ivansxtc” (2000) Rose,  to uwspółcześniona adaptacja opowiadania Tołstoja „Śmierć Iwana Iljicza”. Huston zagrał głównego bohatera Ivana Beckmana, utalentowanego agenta z Hollywood. Za tę rolę otrzymał nominację do Independent Spirit Award.

Partnerował reżyserce, scenarzystce i aktorce Daphne Kastner w dramacie „Hiszpańska mucha” (1998). Pojawił się na planie komedii kryminalnej Johna Landisa pt. „Plan Zuzanny” (1998). W 2001 roku wystąpił w filmie opowiadającym o powstaniu państwa Izrael, zatytułowanym „Eden” w reż. Amosa Gitai. Zagrał pasterza w „The Bacchae” (2002) Brada Maysa, według dramatu Eurypidesa „Bachantki”.

W „21 gramach” (2003) Alejandro González Inárritu, był ukochanym mężem bohaterki granej przez Naomi Watts. Wcielił się w detektywa w „Silver City” (2004) Johna Saylesa, filmie ukazującym tajniki amerykańskich kampanii politycznych. Był narzeczonym Nicole Kidman w „Narodzinach” (2004) Jonathana Glazera. Zagrał Jacka Frye w filmowej biografii Howarda Hughesa pt. „Aviator” (2004) w reżyserii Martina Scorsese. Wystąpił w dramacie „The Proposition” (2005) Johna Hillcoata. W filmie „W ogrodzie zła” (2005) Fernando Meirellesa, zagrał Sandy Woodrowa.

W 1989 roku Huston ożenił się z aktorką Virginią Madsen. Ich małżeństwo przetrwało trzy lata. W 2001 roku poślubił Katie Jane Evans. Mają córkę Stellę. Danny Huston mieszka z rodziną w Los Angeles.