Urodziła się 2 lipca 1956 roku w Giżycku. W rodzinnym mieście ukończyła Liceum Pielęgniarskie. Z zawodem medycznym nie miała jednak wiele wspólnego, gdyż wybór studiów – pośrednio dzięki polonistce, która zaszczepiła w niej miłość do teatru - padł na warszawską PWST. Aktorka zrobiła tam dyplom w 1980 roku. 

Przez krótki okres związana była z awangardowym teatrem w Słupsku (1980-81), później ze stołecznymi: Współczesnym (1981-87), Dramatycznym (1987) i Ateneum (od 1989 roku). Przez lata pracy na deskach teatru stworzyła wiele interesujących kreacji, część spektakli reżyserowana była przez męża, Krzysztofa Zaleskiego.

Debiutem filmowym Marii Pakulnis był epizod w historycznym filmie Wandy Jakubowskiej „Biały mazur” (1978). Miała szczęście już u progu kariery współpracować z wybitnymi osobistościami reżyserskimi: Tadeuszem Konwickim („Dolina Issy” 1982) i Krzysztofem Kieślowskim („Bez końca” 1984, „Dekalog III” 1988). 

Za drugoplanowe role w „Jeziorze Bodeńskim” (1985) Janusza Zaorskiego i w „Weryfikacji” (1986) Mirosława Gronowskiego otrzymała nagrodę na FPFF w Gdyni, zaś za kreację w „Zygfrydzie” (1986) Andrzeja Domalika, u boku Jana Nowickiego i Gustawa Holoubka, została odznaczona nagrodą aktorską na MFF w Taorminie oraz „Złotym Ekranem” – popularną wówczas nagrodą przyznawaną przez czytelników pisma „Ekran”.

Wszystkie trzy role przyniosły jej też prestiżową Nagrodę Aktorską im. Zbyszka Cybulskiego w 1986 roku.

Często grywała atrakcyjne, silne, pewne siebie kobiety. W 1987 roku wzięła udział w kryminalnym filmie Jacka Bromskiego „Zabij mnie glino”, rok później partnerowała Jerzemu Stuhrowi na planie „Obywatela Piszczyka” (1988) w reżyserii Andrzeja Kotkowskiego.

W 1990 roku stworzyła świetną kreację w adaptacji powieści Witkacego „Pożegnanie jesieni” w reżyserii Mariusza Trelińskiego, a w 1993 zagrała u Barbary Sass w słynnych „Pajęczarkach”, obok Adrianny Biedrzyńskiej. 

W połowie lat 90-tych zaczęła częściej gościć na małym ekranie. W latach 1994-95 występowała w roli wysportowanej klientki „Fitness Clubu”, w latach 1995-96 brała udział w popularnej „Ekstradycji, a na początku nowego wieku występowała w produkcji TV „Marzenia do spełnienia” (2001-2002).

Kontynuując, z coraz większym sukcesem, występy telewizyjne („Psie serce” 2002-2003, „Na wspólnej” 2003-2007, „Pierwsza miłość” 2004-2007, „Rozdroże cafe” 2005), nie zarzucała gry w teatrze i na wielkim ekranie. 

W 2003 roku pojawiła się u Piotra Szulkina w groteskowym „Ubu królu”, w 2006 – w dramacie sądowym Wiesława Saniewskiego „Bezmiar sprawiedliwości” oraz w komedii kryminalnej „Dublerzy”.

Maria Pakulnis zajmuje się również polskim dubbingiem do filmów dla dzieci i młodzieży – w 2000 i 2003 użyczyła swojego głosu Cruelli De Mon ze „101 dalmatyńczyków”, ostatnio pracowała zaś przy dubbingu do przeboju „Harry Potter i Zakon Feniksa” (2007).

W 1998 roku odcisnęła swoją dłoń na Promenadzie Gwiazd w Międzyzdrojach.

Jednym z ostatnich telewizyjnych występów Marii Pakulnis jest rola w serialu „Tylko miłość” (2007).