Razem z rodzicami przeniosła się do Puerto Rico, a stamtąd do Londynu, gdzie mieszkała przez dziewięć lat. Jako siedemnastolatka opuściła dom rodzinny i zaczęła żyć w załodze punkowej. Razem z nimi stworzyła kapelę i jeździła na koncerty. W tym czasie też była w związku z jedenaście lat starszym od siebie, uzależnionym od alkoholu Lenem Wallaceem. Po trzech latach Gillian znudziło się wałęsanie po mieście z blond farbowanym czubem na głowie, w podartych dżinsach i kolczykach w uszach. Porzuciła załogę i wróciła do Chicago. Wstąpiła do De Paul University i brała lekcje aktorstwa w Goodman Theather School. W 1993 roku trafiła do serialu Z Archiwum X. Twórcy wybrali ją spośród setki kandydatek do roli agentki specjalnej Dany Scully także dlatego, że jej spojrzenie bił chłód potrzebny do "wygrania" takich cech bohaterki, jak spokój wewnętrzny i opanowanie. Podkreśla się je także poprzez odpowiednią garderobę agentki. Dana jest zawsze szczelnie opatulona przez stonowane kolorystyczne kostiumy i nie ma tu miejsca na przesadne akcentowanie jej kobiecości. I pewnie to sprawiło, że ta piękna, ale zachowująca się na ekranie z rezerwą kobieta została uznana za symbol seksu. Ale prywatnie Anderson nie jest zimną rybą - Lubię czasem włożyć na siebie coś ekstrawaganckiego - mówi - Przez całe lata uważałam się za brzydulę i chowałam ciało pod obszernymi czarnymi strojami. Dopiero dzięki roli agentki Scully uzyskałam nieco pewności siebie. Widać, że tej pewności siebie było więcej niż nieco, bo świat obiegały zdjęcia pozującej topless Gillian Anderson dla magazynu "Esguire". Aby jednak tajemnicy nie odsłaniać całkowicie, aktorka zaktywała nagie piersi rękoma odzianymi w długie do łokci czarne rękawiczki. Podobne zdjęcia, tym razem z jej partnerem filmowym Davidem Duchovnym ukazało się na okładce magazynu "Rolling Stone". Widać jednak komuś zależy na tym, aby pokazać szerokiej publiczności symbol seksu w pełnej krasie, albowiem w archiwach filmowych wygrzebano thiller erotyczny The Turning z 1992 r., gdzie Gillian Anderson zagrała jedną z głównych ról. Film został wydany w USA na kasetach wideo, ale aktorka nie wydaje się być tym przejęta. - Nie mogę się wyprzeć własnej przeszłości - wzdycha.