W 1986 roku ukończył studia na Wydziale Aktorskim PWSFTviT w Łodzi. Występuje na deskach warszawskich teatrów: Narodowego i Studio. Pracę w teatrze rozpoczął wielkimi rolami Hamleta i Konrada w "Dziadach". Pierwsze aktorskie doświadczenia zdobywał jeszcze w liceum - w szkolnym kabarecie.

W filmie Malajkat zadebiutował w czasie studiów. W 1985 roku zagrał w "Żurawiu i czapli", a rok później wcielił się w postać drużynowego Andrzeja Wróbla w "Czarnych stopach" - ekranizacji popularnej powieści dla młodzieży. Wojciech Malajkat często obsadzany jest w serialach telewizyjnych i spektaklach teatru telewizji. Zagrał Herberta w "Pannach i wdowach" (1991). Chętnie przystał na rolę Marka Karwowskiego w realizowanym w 1993 roku serialu Jerzego Gruzy "Czterdziestolatek - 20 lat później", gdyż - jak przyznawał - wychowywał się na pierwszej serii telewizyjnych perypetii rodziny Karwowskich. Pojawił się również w obsadzie seriali dla młodych widzów, m. in. "Wow"i "Klasy na obcasach".

Na filmowym planie aktor miał możność pracy z najwybitniejszymi reżyserami. Grał Jana Maleckiego w zrealizowanym na podstawie opowiadania Jerzego Andrzejewskiego, "Wielkim Tygodniu" Andrzeja Wajdy. Jerzy Hoffman zobaczył w nim idealnego kandydata na Rzędziana z "Ogniem i mieczem". W roli Janeczka zmagał się z problemem owoców - gigantów w "Szabli od komendanta" Jana Jakuba Kolskiego. Grał też w "Pajęczarkach" Barbary Sass, "Deja Vu" Juliusza Machulskiego i "Pięknej nieznajomej" Jerzego Hoffmana.

Malajkat ma również na swoim koncie udział w filmie animowanym. W 2001 roku użyczył swojego głosu postaci Romka w realizowanym na podstawie komiksów Henryka Jerzego Chmielewskiego pełnometrażowym filmie "Tytus, Romek i A'Tomek wśród złodziei marzeń". Przygody Tytusa reżyseruje Leszek Gałysz.  

W wywiadach Wojciech Malajkat stworzony przez siebie wizerunek nazywał typem "trochę zagubionego okularnika". Do swoich ulubionych filmów zalicza "Piknik pod wiszącą skałą" Petera Weira i "Dwa księżyce" Andrzeja Barańskiego.