Urodziła się 21.02.1942 r. w Berlinie. Studiowała germanistykę i języki romańskie w Monachium i Paryżu. Ukończyła również szkołę dramatyczną w Monachium. Występowała w teatrach w Dinkelsbűhl, Stuttgarcie i Frankfurcie nad Menem. Od 1968 r. jest aktywna również jako aktorka filmowa i telewizyjna. Scenariusze zaczęła pisać w 1970 r. W 1976 r. opracowała teatralną wersję powieści Heinricha Bölla "Utracona cześć Katarzyny Blum" (Die verlorene Ehre der Katharina Blum). Pierwszy film fabularny nakręciła samodzielnie w 1977 r. Zagrała w 22 filmach w latach 1967-1984.
Jest laureatką licznych nagród i wyróżnień filmowych:
Niemieckie Nagrody Filmowe 1976 dla Angeli Winkler za rolę w filmie "Utracona cześć Katarzyny Blum"; Niemieckie Nagrody Filmowe 1978: za produkcję (Bioskop-Film) i aktorstwo - dla Tiny Engel za rolę w "Das zweite Erwachen der Christa Klages"; "Schwestern oder die Balance des Glücks" otrzymały Grand Prix MFF Kobiecych w Creteil 1981; za "Die bleierne Zeit": "Złoty Lew" i Nagroda FIPRESCI dla von Trotty oraz Nagroda Volpi Cup dla Barbary Sukowej i Jutty Lampe na MFF w Wenecji 1981, Niemieckie Nagrody Filmowe 1982 - Złota Taśma dla najlepszego filmu oraz aktorki Barbary Sukowej (także za rolę w "Loli" Rainera Wernera Fassbindera), w 1989 r. von Trotta otrzymała także w ramach Niemieckich Nagród Filmowych Nagrodę Specjalną z okazji 40-lecia RFN (przede wszystkim za ten film), Nagroda Davida Donatella - Włoskie Nagrody Filmowe 1982 za reżyserię filmu zagranicznego; za "Heller Wahn": MFF Berlinale 1983 - nominacja do "Złotego Niedźwiedzia" i Nagroda OCIC - wyróżnienie honorowe, za "Rosę Luxemburg": MFF w Cannes 1986 - nominacja do "Złotej Palmy", nagroda dla najlepszej aktorki Barbary Sukowej (ex aequo z Fernandą Torres w filmie "Eu Sie Que Vou Te Amar" Arnoldo Jabora), Niemieckie Nagrody Filmowe 1986 - Złota Taśma dla najlepszego filmu i aktorki Barbary Sukowej, Złota Nagroda Gildii Niemieckich Kin Arthousowych 1987; jej film "Paura e amore" był nominowany do "Złotej Palmy" na MFF w Cannes 1988;
za "Il Lungo silenzio" otrzymała Nagrodę Jury Ekumenicznego i Publiczności na MFF w Montrealu 1993; za "Das Versprechen" otrzymała Bawarską Nagrodę Filmową 1995 (za reżyserię) i Złotą Nagrodę Gildii Niemieckich Kin Arthousowych 1995;
jej serial telewizyjny "Jahrestage" zdobył wyróżnienie specjalne na MFFTV w Biarritz 2001.
W 2004 r. Margarethe von Trotta została wyróżniona honorową Heską Nagrodą Filmową za całokształt twórczości.