Nie musiał długo czekać na popularność. Dzięki swojej pierwszej roli w filmie pełnometrażowym Jon Heder z dnia na dzień stał się postacią niemal kultową. „Napoleon Wybuchowiec” nie tylko umieścił go w gronie znanych aktorów, ale także dodał otuchy wszystkim odrzuconym przez rówieśników dziwakom i samotnikom. Od tego czasu Heder nie może narzekać na brak filmowych propozycji. Urodzony w rodzinie mormonów w stanie Kolorado, od drugiego roku życia wychowywał się w Salem w Oregonie. Po ukończeniu tamtejszej szkoły średniej poszedł na Brigham Young University w Provo w stanie Utah. Tam poznał reżysera Jareda Hessa i producenta Jeremy’ego Coona. Mimo że rozpoczął studia na wydziale filmowym, przeniósł się na animację komputerową, gdzie otrzymał tytuł licencjata. W międzyczasie Hess szukał odtwórcy głównej roli do swojej krótkometrażowej komedii zatytułowanej „Peluca”. Uznał, że Jon idealnie nadaje się na Setha, zakręconego wyrzutka, mającego obsesję na punkcie książek o ninja i jednorożców. Nakręcony w dwa dni film został znakomicie przyjęty na festiwalu Slamdance w 2003 roku. Pozytywny odzew widzów był tak ogromny, że Hess postanowił zrealizować pełnometrażową wersję filmu. W głównego bohatera, nazywającego się teraz Napoleon Wybuchowiec, ponownie wcielił się Heder. Z wiecznie rozdziawioną gębą, czerwonym afro na głowie i w butach z lat 80., Napoleon testuje maszynę do przenoszenia się w czasie kupioną przez Internet, pije surowe jajka i pomaga koledze zostać przewodniczącym klasy. Komedia stała się przebojem na festiwalu Sundance w 2004 roku. Zakupiona następnie przez Fox Searchlight Pictures za około 3-5 milionów dolarów, zarobiła ponad 44 miliony. Tym samym drzwi Hollywood stanęły dla Hedera i Hessa otworem. W następstwie sukcesu aktor przeniósł się do Los Angeles. Ze względu na wyznanie religijne, kolejne role dobierał pod warunkiem, że postaci, które zagra nie będą piły, narkotyzowały się, uprawiały seksu i przeklinały. Niepewny co do swojej aktorskiej przyszłości, pojawiał się na drugim planie. Najpierw była komedia romantyczna „Jak w niebie” z Reese Witherspoon i Markiem Ruffalo, gdzie wcielił się we właściciela księgarni z książkami New Age, który posiada dar wyczuwania obecności duchów. W 2005 roku zagrał w komedii o baseballu „The Benchwarmers” obok Roba Schneidera i Davida Spade’a. Potem był „Straszny dom”, animowana opowieść o trójce dzieciaków, którzy myślą, że dom ich sąsiadów jest potworem. W 2006 roku w „School for Scoundrels” zapisał się na kurs, w którym Billy Bob Thornton uczy pewności siebie. Sprawy komplikują się, gdy okazuje się, że obaj chcą zdobyć serce tej samej dziewczyny. Kolejna komedia, „Mama’s Boy” z Jeffem Danielsem i Diane Keaton, to historia mieszkającego z matką trzydziestokilkulatka, którego wygodnemu życiu grozi koniec, gdy rodzicielka zamierza wyjść za mąż. Po występie w „Blades of Glory” o rywalizujących ze sobą łyżwiarzach, którzy niespodziewanie łączą swoje sportowe wysiłki, Heder podłożył głos do animacji „Surf’s Up”. Jon ma w sumie pięcioro rodzeństwa, w tym brata bliźniaka. Uwielbia muzykę i modę lat 70. Mówi płynnie po japońsku. W Japonii spędził dwa lata w ramach tradycyjnej misji szerzenia mormonizmu. W 2002 roku ożenił się z Kristen Heder.