Reżyser i scenarzysta, a od lat 90-tych – głównie producent filmowy. Współreżyser popularnego serialu „Stawka większa niż życie”, reżyser odcinkowego filmu TV „Kolumbowie” oraz dramatów: „Trzeba zabić tę miłość”, „Jowita”, „Życie raz jeszcze”, „Do widzenia, do jutra...”. Inicjator i producent wykonawczy znanego cyklu filmów TV „Święta polskie”.

Urodził się 16 listopada 1922 roku w miejscowości Mikulińce koło Tarnopola (obecnie Ukraina). Studiował na Wydziale Reżyserii PWSFiT w Łodzi, który ukończył w 1954 roku, dyplom uzyskując dopiero w 1969.

Zaczynał jako asystent reżysera u Andrzeja Wajdy („Kanał” 1956, „Popiół i diament” 1958, „Lotna” 1959), Wandy Jakubowskiej („Opowieść atlantycka” 1954) i Jerzego Kawalerowicza („Prawdziwy koniec wielkiej wojny” 1957), sam debiutując w 1960 roku filmem „Do widzenia, do jutra...” ze Zbyszkiem Cybulskim (nagroda za reżyserię na MFF w Stradford).

Po realizacji komedii: „Jutro premiera” (1962) z Gustawem Holoubkiem i „Dwa żebra Adama” (1963) z Zygmuntem Kęstowiczem, wyreżyserował znany „półkownik” – „Życie raz jeszcze” (1964) z Andrzejem Łapickim, Tadeuszem Łomnickim i Ewą Wiśniewską. 

Rok później ponownie spotkał się z Łomnickim, realizując film wojenny „Potem nastąpi cisza” z Danielem Olbrychskim (1965, Nagroda Ministra Obrony Narodowej II stopnia), a w 1967 zaprosił tego ostatniego na plan „Jowity” z Barbarą Kwiatkowską w roli tytułowej (Nagroda Ministra Kultury i Sztuki III stopnia, nagroda OCIC i nagroda za reżyserię na MFF w San Sebastián).

W latach 1967-68 zasłynął jako jeden z twórców „Stawki większej niż życie” (Nagroda Ministra Obrony Narodowej I stopnia, Nagroda telewizji NRD), a w 1970 – jako autor odcinkowej ekranizacji powieści „Kolumbowie” (Nagroda Przewodniczącego Komitetu d/s Radia i Telewizji, Nagroda Ministra Obrony Narodowej II stopnia). 

Rok 1972 to realizacja jednego z najbardziej znanych filmów Morgensterna – „Trzeba zabić tę miłość” z udziałem Jadwigi Jankowskiej – Cieślak, Barbary Wrzesińskiej i Andrzeja Malca (Złote Grono na festiwalu Lubuskie Lato Filmowe), a następnie reżyseria seriali „S.O.S.” (1974) i „Polskie drogi” (1976-77), z których szczególnie ten drugi cieszył się nie lada powodzeniem (Złoty Ekran, Grand Prix FPTT w Olsztynie, Nagroda Przewodniczącego Komitetu d/s Radia i Telewizji indywidualna I stopnia).

W 1979 roku zrealizował kolejny wojenny film „Godzina ‘W’” (Złoty Szczupak za reżyserię na FPTT w Olsztynie), rok później – „Mniejsze niebo” z Romanem Wilhelmim i Beatą Tyszkiewicz (1980, nagroda za scenariusz na MFF w Panamie, Grand Prix MFF Klubowych w Poitiers), a w 1986 – amerykańsko – polską produkcję fantastyczną „Biały smok” (wspólnie z Jerzym Domaradzkim), by w kolejnych latach skupić się wyłącznie na działalności producenckiej i opiece artystycznej filmowych projektów młodszych kolegów.

Jako kierownik artystyczny studia „Perspektywa” wyprodukował takie dzieła, jak m.in. „Femina” Piotra Szulkina (1990), „Korczak” (1990), „Panna Nikt” (1996) i „Zemsta” (2000) Wajdy, „Koloss” (1993) i „Requiem” (2001) Witolda Leszczyńskiego, „Ciemna strona Wenus” (1997) Radosława Piwowarskiego, „Złoto dezerterów” (1998) Janusza Zaorskiego, „Chłopaki nie płaczą” (2000, nominacja do Orła za produkcję) i „Poranek kojota” (2001) Olafa Lubaszenki, czy „Duże zwierzę” Jerzego Stuhra (2000, nominacja do Orła).

Największy sukces w tej dziedzinie osiągnął jako producent nagrodzonego Złotymi Lwami na FPFF w Gdyni „Komornika” (2005) Feliksa Falka.

W 2000 roku w ramach cyklu telewizyjnego „Święta polskie”, którego był pomysłodawcą, zrealizował film „Żółty szalik” z niezapomnianą kreacją Janusza Gajosa („Złoty Klakier” na FPFF w Gdyni - nagroda Radia Gdańsk dla reżysera najdłużej oklaskiwanego filmu).

W 2008 roku ponownie wrócił do reżyserii, realizując film „Mniejsze zło” z Lesławem Żurkiem, Januszem Gajosem i Magdaleną Cielecką.

W 2000 roku Janusz Morgenstern otrzymał na FPFF w Gdyni specjalną, pozaregulaminową nagrodę Jury za inicjatywę telewizyjnego cyklu „Święta polskie”. Jest laureatem nagród: Ministra Kultury i Sztuki I stopnia za filmową twórczość telewizyjną z 1977 roku, Przewodniczącego Komitetu Kinematografii dla producentów filmowych z 1991 roku, Dorocznej Nagrody Ministra Kultury w dziedzinie filmu z 2005 roku oraz Specjalnej Polskiej Nagrody Filmowej „Orzeł” za całokształt twórczości z 2008 roku.

Zmarł 6 września 2011 roku.