Pochodzi z latynoskiej rodziny. Wychował się w niebezpiecznej dzielnicy południowego Chicago. Kiedy rodzice wychodzili rano do pracy w fabryce przykazywali Michaelowi i jego bratu aby nie opuszczali domu. Aby się czymś zająć chłopcy oglądali telewizję, a z czasem zaczęli bawić się w robienie własnych programów i filmów. W ten sposób Michael Pena rozpoczął swoją przygodę z aktorstwem. Po szkole średniej podjął dobrze płatną pracę w banku. Kiedy przyjaciel zaczął go namawiać na wzięcie udziału w castingach Pena niechętnie się zgodził, bowiem nie chciał rezygnować z lukratywnego stanowiska. Zadebiutował jako aktor telewizyjny w serialach „Nowojorscy gliniarze” (1996), „Dotyk anioła” oraz „Siódme…
